El Consejo Cantonal de Protección de Derechos de El Pangui, se creó y conformo de acuerdo a los siguientes acontecimientos: Su inicio fue por medio de la ¨Ordenanza de Creación y funcionamiento del Concejo Cantonal de la Niñez y Adolescencia del Cantón El Pangui¨ aprobada el 09 de septiembre de 2005, en el cantón El Pangui y publicada en el Registro Oficial Nº 435, el Jueves 11 de Enero del  2007.

Posteriormente el 07 de diciembre de 2007, se aprobó la Ordenanza que ¨Regula la Organización y Funcionamiento del Sistema Descentralizado de Prevención y Protección Integral de la Niñez y Adolescencia del cantón El Pangui¨, publicada en el Registro Oficial Nro. 407, del 20  de Agosto del 2008.

Actualmente el Gobierno Autónomo Descentralizado Municipal de El Pangui, el 23 de octubre de 2013, aprueba la ordenanza de ¨Organización e Implementación del Sistema de Igualdad y Protección Integral de Derechos en El cantón El Pangui¨, publicada en el Registro Oficial Nro. 126, con fecha 19 de noviembre de 2013, la misma que se encuentra vigente actualmente, cambiando el nombre de Concejo Cantonal de la Niñez y Adolescencia de El Pangui, por Consejo Cantonal de Protección de Derechos del Cantón El Pangui.